在《孔教》一文中，章士钊除了表明自己对孔教的态度之外，另一重点就是其对于宗教的态度。为了说明反对孔教的原因，他引用了章太炎的《驳建立孔教议》一文，虽然在儒学是不是宗教、能不能定为国教的问题上二人观点一致，但章太炎反对孔教的原因除了认为儒学不具备宗教的特质之外，更重要的是他认为儒学之功在保民开化，而宗教至为鄙陋，是太古愚民所行之迷信，故儒学不能称之为宗教。章士钊则并不认同这一点，他将宗教与迷信看作两回事，认为“欧人所谓宗教，乃视为身心性命之所寄，而决非如吾神道止于迷信崇拜之伦。归依之诚，实无间于愚哲”。章士钊所谓的宗教，实质上是特指欧洲耶教这样有极强的道德约束性，且教义与儒学所提倡的伦理道德十分近似的宗教。从他屡屡对耶教徒道德修养的赞赏甚至是刻意美化中，可以看出章士钊是借用耶教描绘出了一个理想中的道德世界，而他对于耶教的肯定，仍是出于对儒家传统道德的认同与追求。此后《甲寅》诸人在论述宗教问题时，亦始终停留在道德层面，将其作为讨论孔教问题的旁证。
真正使对宗教问题的讨论深入至哲学层面的是高一涵。他在致《甲寅》编者的信中，开篇便谈到“余所欲就正者，非尊孔尊耶之执，乃人类应否终有宗教问题也”。他对于宗教的质疑，并非是简单的否定，而是从追求真理的角度、以科学的精神质疑神明的存在：“宇宙既形此显象，悬示吾人之前，断非徒有象而无理，事有象而理难徵者，乃吾知之有崖，不得谓彼为神秘。”即万事万物既然存在，则均可以探求其成因，即便一时无法解释，也是因为当下人类的知识有限，不能因此将其归咎于神秘，更不能因不可知的存在而塑造出神明。在回信中，面对这样的质疑，章士钊引用了笛卡尔“我思故我在”的观点来证明上帝的存在，从而走向斯宾诺莎的自然神论，为宗教的存在找到依据。宗教与科学孰真孰伪不在本文的讨论范围，但我们可以看到，高、章二人的通信在《甲寅》杂志众多讨论孔教的文章中显得与众不同。高一涵对宗教的态度显然受到现代科学与理性主义的洗礼，而如此看待宗教的做法在此后的《新青年》作者如陈独秀、李大钊等人身上同样可以发现，这恰恰反映出《甲寅》与《新青年》在讨论孔教问题时显著的区别。章士钊与《甲寅》在讨论儒学问题时，是在认同儒学所提供的一整套道德规范的前提下，探讨儒学的性质，并为其寻求更生之路，而高一涵与《新青年》则是在进化论的影响下，以理性态度审视儒学与现代文明的差异，从而试图推翻儒家思想所创造的一整套礼教制度。
二 、易白沙的儒学观
提起易白沙，人们总会想到《孔子平议》在新文化运动中所起到的重大作用，并将其视为最早举起“打倒孔家店”大旗的思想先驱。然而，通过将易白沙的儒学观念与《甲寅》《新青年》的儒学观进行比较，并对《孔子平议》进行细致分析，我们便可以发现，易白沙的儒学观有其独特性，而且在《甲寅》与《新青年》之间扮演着过渡者的角色。
如果说高一涵是跳出儒学之外，从宗教的宏观角度参与了《甲寅》对儒学的讨论，易白沙则从教育的角度表达了自己对儒学的看法。在《教育与卫西琴》中易白沙没有将注意力集中于孔教问题上，而是针对英人卫西琴的“中国教育只需发挥孔子之精神、不必取法欧美”的观点，提出了自己的见解。易白沙认为，中国的教育不能等同于孔子的教育，“孔子为教育之一部，而非教育之全体，此非孔子之小，实中国教育之大也”。他分别详述了道家教育与墨家教育，指出它们各有所长之精神，“一为神明，一为物质，孔子不能范围之”，只有“倜乎尘埃之表，醇然礼乐之怀，辅以道家之神明，墨家之物质”才是完整的中国教育。易白沙显然是要以平和说理的态度，将诸子从儒学的压制下解放出来，亦将儒学从神坛上请下来，将其置于与诸子平等的地位，将诸子都看作传统文化的一部分。
与《教育与卫西琴》相比，刊发在《新青年》上的《孔子平议》对儒学的探讨显然更为全面，亦更为成熟，易白沙不再局限于教育一方面来谈孔子之道，而是站在整个思想文化的角度，客观地评价孔子学说的得失。一方面，《孔子平议》延续了此前易白沙对儒学的看法，同时更进一步指出：“孔子当春秋季世，虽称显学，不过九家之一。”这是从学术的角度讲，儒学不等于国学，而只是国学的一部分，“非孔学之小，实国学范围之大也”。另一方面，真正使《孔子平议》引起巨大反响的，是易白沙一反往日人们为维护儒学而提出的“伪孔”论，指出孔子之所以被历代野心家所利用，正是因为其思想中有可以被专制主义利用的成分，点明了儒学与数千年来专制制度之间的联系，深入分析了儒学思想所固有的弊端，并将其归纳为四点：
其一，“孔子尊君权，漫无限制，易演成独夫专制之弊”。易白沙认为，墨家以天制君，法家以法为轨，此二家均对君权有所限制，而儒家则将君等同于天，使君权超乎法律道德之外，没有任何外力来规范君王的思想与行为，仅仅依靠其个人的道德修养来治理国家，言人治而非法治，是专制主义的直接根源。过分依靠个人道德又缺乏应有的监督，其结果便如章士钊所说的一样，是整个伦理体系的虚化。章氏希望在依照西方建立一套完善的法治制度后，继续保留与提倡儒家的道德规范，但他并没有看到这一道德体系中尊君权的部分，其专制精神与民主共和精神显然是对立的。在这一点上，易白沙的认识无疑更为深刻。
其二，“孔子讲学，不许问难，易演成思想专制之弊”。易白沙通过列举许多事例指出，春秋时期诸子并立，学术思想极其发达，孔门弟子在面对其他学说时，不免产生疑问，时常向孔子问难，而“孔子以先觉之圣，不为反复辨析是非，惟峻词拒绝其问，此不仅壅塞后学思想，即儒家自身学术，亦难阐发”。不仅如此，孔门“师徒受授，几丈森严，至禁弟子发言”，他们讲求天地君亲师，有着严格的等级制度，维护在上者的权威。在这里，易白沙实质上已经触及到了新文化运动儒学批判的核心问题一礼教制度，并将礼教中这种等级制度与思想专制联系了起来。
其三，“孔子少绝对之主张，易为人所借口”。易白沙指出孔子“立身行道，皆抱定一‘时’字，教授门徒，皆因时因地而异”，生平行事并无一定目的，空有杀身成仁这样的豪言壮语，却并没有以身践之一“美其名曰中行，其实滑头主义耳！骑墙主义耳!”他毫不留情地直斥孔子本人的虚伪性，并指出后世暴君之所以可以假借儒学行不义之事，也正是源于这一点。
其四，“孔子但重作官，不重谋食，易入民贼牢笼”。易白沙认为，孔子明列国政教，其学说目的在于干七十二君，故其弟子均不善谋生之道，这使得儒家的生计完全维系于帝王身上，独夫民贼以此为饵，遂使儒术成为谋求利禄的捷径，演变成奴颜媚上，捐廉弃耻之风俗，并经千百年的潜移默化，最终形成民族性格中的奴性成分。
易白沙分别从制度层面与思想层面对儒学所衍生的专制、礼教、虚伪、奴性进行了剖析，并揭示了儒家思想与中国专制主义之间的内在联系，对《新青年》同仁对儒学的批判大有启发。同时，作为具有过渡意义的人物，易白沙的儒学观也表现出一定的复杂性，除了进行批判之外，亦有从学术角度对儒家思想的客观分析，这与此后《新青年》诸人对儒学的全盘否定明显不同。在《孔子平议》的下篇中，易白沙指出，儒家之学、九家之学与域外之学“三者混成，是为国学”，所以，不能以孔子一家学术，代表中国过去未来之文明，驳斥了将孔子描述成能够预知未来的荒诞说法，认为“如八股家之作截搭题，以牵引附会今日学术，徒失儒家之本义耳”。而针对尊孔者提出的“古代文明，创自孔子，即古文奇字，亦出诸仲尼之手”的说法，易白沙则通过梳理文字史指出，“人文孟晋，决非一代一人能奏功效，文字创造，归美仓颉，犹切不可，况仓颉两千年后之孔子乎?”尤为难能可贵的是，易白沙并未将孔子全盘否定，而是进一步说明，孔子虽不曾创造文字，然订六书、正文字，所以中国文字的统一诚不能不拜儒者之赐。通过对儒学与道墨法农兵等几个思想学术流派进行比较之后，易白沙将孔子定位于显学而非素王，从而将儒学从象征专制精神的神坛上拉回到与诸子百家平等的地位中。
